Según su Reglamento, fijado en la Instrucción de Organización 01/2011 del entonces denominado Almirante Jefe de Asistencia y Servicios Generales de la Armada (ALASER), el Real Instituto y Observatorio de la Armada en San Fernando (ROA) es un centro de investigación científica del Estado Mayor de la Armada que a su misión específica como centro de investigación y observatorio Astronómico y Geofísico, une la investigación en los campos de la ciencia físico-matemática y los estudios científicos que se juzguen de interés para la Armada. A estos cometidos se unen responsabilidades docentes en la Escuela de Estudios Superiores (EES), localizada en el recinto del propio Observatorio, llevadas a cabo por su personal científico y técnico.
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