La proclamación de la República, se produjo en un momento en que la situación financiera era desesperante. En el Ejército había progresistas, pero la gran masa de la oficialidad era unionista, pues les horrorizaba la desmembración de la patria, por eso la recibieron con una expectante inquietud. No obstante de la treintena larga de militares diputados a Cortes, tan solo dos votaron en contra. De un estudio de doscientas veintidós hojas de servicio, se desprende que eran republicanos el 22,7 %, alfonsinos el 39,63 % y carlistas un 18,46 %.
Los militares sabían que la República Federal era antimilitarista en su origen, por eso gran parte de ellos, sin rechazarla abiertamente, la acogió con desagrado, sobre todo a la encendida tea federalista, pues era sinónimo de disolución del Ejército: indisciplina en la tropa, insultos y agresiones a los oficiales, viles asesinatos… El Código de Justicia Militar fue abolido mientras la propaganda federalista alentaba a los soldados a la desobediencia. La intención era la de disolver el Ejército para formar uno de milicianos, legislando para alterar el viejo edificio castrense, pero la Guerra Carlista vino a colocar a todo el mundo en su sitio, pues sin un ejército regular, más o menos organizado, era inútil pensar en hacer frente a los carlistas.
Otro de los gravísimos problemas que desconcertaba a los mandos superiores del Ejército, era que los puenteara el presidente del Poder Ejecutivo de turno, sin respetar la cadena jerárquica, dando órdenes directamente a los jefes de las unidades que les estaban subordinadas.
Tantos y tan variados conflictos, con escasos medios, sin logística, con un Ejército prácticamente abandonado a su suerte, mal abastecido, con armamento anticuado y de variados calibres, contribuyó a que la Guerra Carlista se hiciera eterna.