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Revista-Sanidad-Militar-74-3

Diseño de oligonucleótidos sonda para la detección de virus de interés en biodefensa Figura 1. Similitud de secuencia entre las sondas diseñadas para LCM-1 y otras secuencias de virus de la familia Arenaviridae. A, sonda 01. B, sonda 02. C, sonda 03. D, sonda 04. A la izquierda se muestra el alineamiento entre la sonda problema (arriba) y la secuencia con mayor puntuación dentro de cada grupo (abajo); en el centro, una representación gráfica elaborada por BLASTN; y a la derecha de cada panel se muestra el alineamiento entre la sonda problema (arriba) y la secuencia con menor puntuación dentro de cada grupo (abajo). La clasificación por grupos es la siguiente: Grupo 1, secuencias con un valor S de BLASTN superior a 80; Grupo 2, secuencias con un valor S de BLASTN entre 70 y 80; Grupo 3, secuencias con un valor S de BLASTN entre 50 y 70. Sanid. mil. 2018 74 (3)  153 Análisis de la posibilidad de hibridación cruzada de las sondas con muestras de diferentes especímenes. Se evaluó la capacidad de hibridación de las sondas con otras muestras correspondientes a diferentes estirpes de un misma es-pecie o a diferentes especies de la misma familia mediante un análisis BLASTN13 <https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/> contra todas las secuencias presentes en GenBank14, de manera que las secuencias más parecidas a la de la sonda tendrán mayor probabilidad de ser detectadas de forma cruzada. RESULTADOS Identificación de los genomas de los virus de interés En la actualidad hay disponibles 3.530 genomas de virus en la base de datos del NCBI. En este trabajo se han identificado los genomas de referencia de los virus pertenecientes a las familias indicadas en la Tabla 1.


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