González-López, L., Peraile Muñoz, I., Rozas Sanz, G., Cabria Ramos, J. C. y Lorenzo Lozano, P. Tabla 2. Secuencias y parámetros físicos de las sondas diseñadas. Sonda Secuencia 5’→3’ GC (%)1 Tm2 Tm Adj3 Chr4 LCM-1_01 ACCAAGACTAAAGTTATAGCCAGAAATGTTGATGCTGGACTGCTGTTCAGTGATGACCCC 45 72,1 83,7 S LCM-1_02 GAAACTAGTGTCCCCAAGTGCTGGCTTGTCACCAATGGTTCTTACTTAAATGAGACCCAC 47 72,8 84,5 S LCM-1_03 GGTTCTTAAACTATAGTATGGATCACAGCAAATGGGGACCAATGATGTGCCCATTTTTGT 40 70,1 81,6 L LCM-1_04 ATTTATCAGCCCAAAAAGTGTGGCTGGGAGGTTCGCTGCAGAATTTAAATCTAGATTCTA 40 70,1 81,6 L TCRV_01 CAGTGAGTTTGAATCCATCAGGTATCACTTTAGGGAGAGTGGGACATGGGATTCCATGAT 45 72,1 83,7 L TCRV_02 CACTCTTCCATTTTCTCTCAAATTCTTCTGGATTGACCCTCACAAATGTTTCCAATAGTA 37 68,7 80,4 L TCRV_03 AGGATTTCAAAAAAGAGCTCAGTGAAAGAGTTAGACAATTTGCCTAGGATCCACTGTGCG 42 70,8 82,5 S TCRV_04 CAATGCTGTCGGCAATCAGCTTAGCGTCCTTTAAAATATCTGACTTGACTGTTTGGGTGA 43 71.5 82,9 S HTNV_01 CCAAAAGATGAAACTCTGTGCCATCTTTGACAATTTACGTTATCTTATACCTGCAGTAAC 36 68,1 79,8 L HTNV_02 GTCTGGATTTGAATGGGGAAAACCAAATATTCCATGTATTGTTTATAAGAACTGTGTCCT 35 68,0 79,6 L HTNV_03 TGATGCATTATTCATTTATGGATACTTGGAACCAGTAGATGATGGGACTGACTGGTTTTT 37 68,7 80,4 L HTNV_04 AGGCTATACGCCAGCATGCAGAAGCAGCTGGCTGTAGCATGATTGAAGATATTGAGTCAC 48 73,5 84,9 S RVFV_01 ACCACAACAGGGATGATGCAGGGAATACTGCATTATACTTCCTCACTATTACACACCATT 42 70,8 82,5 L RVFV_02 TGTTGTTACAATGGTTACTTTAAAAATAAAGAAGAAGAGACTGAGCCTTCGTCCCTTTCT 35 68,0 79,6 L RVFV_03 GCCTCATAGATCAGTACGTGTAAAAGTAATATGTTGAAATAAGTAGACACAAGCAAACCT 35 68,0 79,6 M RVFV_04 TGCATCAAACGTTGCACCTCCACCAGCGAAGCCTTTTCAGAGACTTATTGATCTAATAGG 45 72,1 83,7 S DENV3_01 AGCTGCGTTTACAACATGATGGGCAAGAGAGAGAAAAAACTTGGAGAGTTTGGTAAAGCA 42 70,8 82,5 1 DENV3_02 GATAATAATGGATGAGGCTCATTTCACAGACCCAGCCAGTATAGCGGCTAGAGGGTACAT 47 72,8 84,5 1 DENV3_03 ACATGGGAGAAGACGGCTGCTGGTATGGCATGGAAATCAGACCCATTAATGAGAAAGAAG 47 72,8 84,5 1 DENV3_04 AAGATACCCGGAGGAGCCATGTATGCTGATGACACAGCCGGTTGGGACACAAGAATAACA 50 74,2 85,7 1 YFV_01 AAGAATGGCAATGACTGACACAACCCCTTTTGGACAGCAAAGAGTGTTTAAAGAAAAAGT 45 72,1 83,7 1 YFV_02 CGGACTTGTGTGTACAACATGATGGGGAAAAGAGAGAAGAAGCTGTCAGAGTTTGGGAAA 55 76,2 87,8 1 YFV_03 GCCATATGGTATATGTGGCTGGGAGCGCGGTATCTTGAGTTTGAGGCCCTGGGATTCCTG 50 74,2 85,7 1 YFV_04 GGATGACCACGGAAGACATGCTTGAGGTGTGGAACAGAGTATGGATAACCAACAACCCAC 50 74,2 85,7 1 WNV_01 TACAACATGATGGGAAAGAGAGAGAAGAAGCCTGGAGAGTTCGGCAAAGCTAAAGGCAGC 48 73,5 84,9 1 WNV_02 TGGGATTTTGTCATCACCACAGACATATCAGAAATGGGAGCCAACTTCAAGGCGAGCAGA 47 72,8 84,5 1 WNV_03 GAAGGACTAGAGGTTAGAGGAGACCCCGTGCCAAAAACACCAAAAGAAACAGCATATTGA 45 72,1 83,7 1 WNV_04 AACTACAACCTGTTCATAATGGATGAAGCCCATTTCACGGATCCAGCGAGCATCGCAGCC 50 74,2 85,7 1 HeV_01 GTAGAATTATATTGCCCAGAGCCGCACATGAAATTTTAGATAATTCTTTGACAGGTGCTA 37 68,7 80,4 1 HeV_02 GGTGTTGTTTTTGGTCAGAGACATTGGTGGACGAGACAAGATCTGCTTGCAGCAATATTA 43 71,5 82,9 1 HeV_03 TGCTAAAATGACATATAAGATGCGTGCCTGTCAGGTAATTGCTGAAGCTTTGATTGCATC 40 70,1 81,6 1 HeV_04 TTCTCCAAAAAGTGATGAATCAAGAACCAGGCGATGCAAGCTTCCTAGATTGGGCTAGTG 45 72,1 83,7 1 VFA_01 GGACGACTTGGGCCAAAACCCAGACGGCAAAGACTTCAAGTACTTTGCCCAAATGGTATC 50 74,2 85,7 1 VFA _02 GCCCGACCCTGACCACTTTGACGGTTACAATCAGCAGACCGTCGTCGTGATGGACGACTT 57 76,9 88,6 1 VFA _03 ACCCGCAAAACAGCTTCTGAACTTCGACCTCCTCAAGTTGGCGGGAGACGTTGAGTCCAA 53 75,6 87 1 VFA _04 TTTTACAAACCTGTGATGGCCTCGAAGACCCTCGAGGCCATCCTCTCCTTTGCACGCCGT 55 76,2 87,8 1 VACV_01 CTAATTCTACATATGGTGGATTGGTAATTAAATATATCATGCTCAGTAATGGATATTCTG 30 66,0 77,5 1 VACV_02 AAAGGACCTAATCCATTTATCGCTAACATGCATTTGAAAAGATCTGTATTCTGTAGCGAA 35 68,0 79,6 1 VACV_03 TTTCCACATGTCATCGAAATGGTAGATATAGAACAATTTACTTTTAGTAACGTATGTGAA 30 66,0 77,5 1 VACV_04 TCGACGGAGATGAAGAATGGATGATATTGGAGCAAAATCCTAAAGCCGTAATTGAACAAA 38 69,4 80,8 1 VEV_01 GGCGAGAGGATAAATATCTCCAAGACCTCTTCATCGAAGATCAAGGAGATAAACCAACTC 43 71,5 82,9 1 VEV_02 TCCCTAATGTCTTGGAAATTGCGAGAATACTTTGTAATTACCGAATATTTGATAAAGACT 32 66,7 78,4 1 VEV_03 CGGCTGGATGTGTCATGCATCCAAATGGGTCACCACATGTGACTTCAGGTGGTACGGACC 55 76,2 87,8 1 VEV_04 AAGGCTATTCAAGCAGACGGTTGGATGTGCCATGCTTCTAAATGGGTTACTACTTGCGAT 45 72,1 83,7 1 H1N1_01 GCAGCGAGCCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAGTAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGA 48 73,5 84,9 5 H1N1_02 GCAACTTATCAGAGGACAAGGGCTCTTGTTCGCACCGGAATGGATCCCAGGATGTGCTCT 53 75,6 87 5 H1N1_03 AGGATGATGGAAAGTGCAAGACCAGAAGATGTGTCTTTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAG 53 75,6 87 5 H1N1_04 AGAATGTGCAACATTCTCAAAGGGAAATTTCAAACTGCTGCACAAAAAGCAATGATGGAT 37 68,7 80,4 5 H1N1_05 TCAGTTTCTGGATGTGTTCTAATGGATCTTTGCAGTGCAGAATATGCATCTGAGATTAGA 38 69,4 80,8 4 H1N1_06 TAAAAAAGTTGATGATGGATTTCTGGACATTTGGACATATAATGCAGAATTGTTAGTTCT 30 66,0 77,5 4 GC (%)1 (% Guanina y Citosina), Tm2 (temperatura de fusión), Tm Adj3 (temperatura de fusión ajustada en solución)11, Chr4 (fragmento cromosómico del que deriva) Diseño de sondas específicas para la identificación de los virus de interés Para el diseño de las sondas se utilizó un programa in-formático creado por la Unidad de Genómica del Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC), (Madrid, Espa-ña). Las sondas seleccionadas para las especies pertene-cientes a las familias de estudio se muestran detalladamen-te en la Tabla 2. 154 Sanid. mil. 2018; 74 (3) Análisis de la posibilidad de hibridación cruzada de las sondas con muestras de diferentes especímenes El análisis BLASTN permitió determinar la similitud de se-cuencia entre las sondas diseñadas y todas las secuencias pre-sentes en GenBank, de manera que las secuencias más parecidas tendrán mayor probabilidad de ser detectadas de forma cruzada. En general, se han agrupado las secuencias en tres categorías en función de su grado de homología con la sonda empleada. Ob-
Revista-Sanidad-Militar-74-3
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