Diseño de oligonucleótidos sonda para la detección de virus de interés en biodefensa Sanid. mil. 2018 74 (3) 155 teniendo una puntuación BLASTN superior a 80 para el primer grupo de secuencias, entre 70 y 80 para el segundo grupo y entre 50 y 70 para el tercero, con índices de identidad superiores al 90%; entre 86 y 90% y entre 80 y 86% respectivamente. La clasi-ficación de los grupos para cada una de las familias en estudio se detalla a continuación: Familia Arenaviridae LCM-1 (cepa Armstrong 53B) La sonda 01, en el Grupo 1 reconoce siete estirpes o aislados diferentes de LCM-1, en el Grupo 2, 11 estirpes diferentes de LCM-1 y en el Grupo 3, secuencias de cinco aislados de LCM-1, siete estirpes del virus Junin y una estirpe de los virus Naturduori y Dandenong. La sonda 02, en el Grupo 1 reconoce secuencias pertenecientes a 11 estirpes de LCM-1, el Grupo 2 incluye se-cuencias de 15 cepas de LCM-1 y el Grupo 3 incluye dos estirpes de LCM-1, cinco cepas de virus Lassa y una estirpe de los virus Momeia y virus Lunk. La sonda 03 incluye en el Grupo 1, 10 variantes genotípicas de LCM-1; en el Grupo 2, 10 estirpes de LCM-1 y una cepa de virus Dandenong; y en el Grupo 3, tres ce-pas de LCM-1, 34 estirpes de virus Lassa, dos cepas de los virus Ippy y virus Kodoko y una cepa de los virus Lunk y virus “Me-rino Walk”. La sonda 04 incluye en el Grupo 1, siete genomas de LCM-1; en el Grupo 2, seis genomas de LCM-1; y en el Grupo 3, 11 estirpes de LCM-1, 11 cepas de virus Lassa virus, dos estirpes del virus Mobala y una del virus Ippy (Figura 1, Tabla 3). TCRV Las sondas diseñadas para este virus podrían detectar hibri-dación cruzada con otros virus de la misma especie, fundamen-talmente virus Junin y virus Machupo y, en menor medida virus Amapari y virus Ocozocoautla de Espinosa. Familia Bunyaviridae HTNV (cepa 76-118) Las secuencias devueltas por BLASTN de las cuatro sondas diseñadas para HTNV ofrecen la posibilidad de hibridar con muestras correspondientes a aproximadamente 40 virus diferen-tes, además de HTNV. RVFV (cepa ZH-548) Respecto al análisis realizado para las sondas correspondien-tes a RVFV, estas reconocen un número limitado de otros virus pertenecientes al mismo género. No obstante, las sondas 01 y 02, tienen un alto grado de homología con otros virus de la misma familia. Familia Flaviviridae El análisis de similitud entre las sondas diseñadas para DENV3 (D3/H/IMTSSA), YFV (17D) y WNV (956) y las se-cuencias de virus pertenecientes a esta familia reconocerán 16, 40 y 96 especies de virus diferentes con muy alta afinidad, con Tabla 3. Similitud de secuencia entre las sondas diseñadas para LCM-1 y otras secuencias de virus de la familia Arenaviridae. Grupo Especie Sonda 01 Sonda 02 Sonda 03 Sonda 04 Grupo 1 virus de la Coriomeningitis Linfocítica 7 11 10 7 Grupo 2 virus de la Coriomeningitis Linfocítica 11 15 10 6 virus Dandenong - - 1 Grupo 3 virus de la Coriomeningitis Linfocítica 5 2 3 11 virus Dandenong 1 - - - virus Junin 7 - - - virus Natorduori 1 - - - virus Lassa - 5 34 11 virus Lunk - 1 1 - virus Mopeia - 1 - - virus Ippy - - 2 1 virus Kodoko - - 2 - virus Merino Walk - - 1 - virus Mobala - - - 2 Los números indican la cantidad de estirpes correspondientes a cada uno de los virus correspondientes a cada uno de los grupos y sondas. La clasificación de los grupos es como en la Figura 1. elevados índices de identidad y con un nivel más bajo de hibrida-ción respectivamente. Familia Paramyxoviridae Todas las sondas diseñadas para HeV reconocen específica-mente las 11 estirpes del mismo. Familia Picornaviridae El análisis de similitud entre las cuatro sondas diseñadas para el serotipo O del virus de la fiebre aftosa y las secuencias de virus pertenecientes a esta familia indica que estas reconocen diferentes estirpes de este serotipo y un buen número de cepas de los serotipos A, C y Asia y en menor medida SAT1, SAT2 y SAT3. Además, la sonda 02 tiene altos índices de identidad con secuencias de diferentes virus; entre ellos, el género enterovirus. Familia Poxviridae La comparación de las cuatro sondas diseñadas para VACV con las de diferentes virus pertenecientes a la misma familia indican que estas reconocerán con muy alta afinidad muestras correspondientes a los virus de la viruela humana (“variola vi-rus”) y bovina (“cowpox virus”). Asimismo, se predice hibrida-ción cruzada con otros virus de la misma familia, como el virus de la viruela del mono y otros virus relacionados. En cuanto a las secuencias clasificadas en los grupos 2 y 3, se pueden en-contrar varios virus relacionados, causantes de enfermedades en mamíferos.
Revista-Sanidad-Militar-74-3
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